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基于DNA甲基化的肿瘤纯度估计和若干计算问题

发布时间:2017-10-24 10:45:42 

主讲人:郑小琪 副教授

报告时间:11月3日(周五)下午14:30--15:15

报告地点:数理楼221

内容提要:

  报告摘要:DNA甲基化是一类重要的表观遗传修饰,它是在DNA甲基化转移酶(Dnmt)的作用下选择性地将甲基添加到胞嘧啶上形成5-甲基胞嘧啶的过程。这次报告主要介绍如何利用DNA甲基化Infinium 450k芯片数据估计肿瘤纯度,探讨肿瘤纯度在差异甲基化分析和样本亚型聚类中的影响,以及如何构建统计模型消除肿瘤纯度效应。

  个人简历:2009年毕业于大连理工大学获理学博士学位,随后一直在上海师范大学数学系工作,历任讲师、副教授。201212月至20142月、20157月至9月,两次赴哈佛大学公共卫生学院生物统计与计算生物学系进行学术访问,合作导师为著名生物信息学家刘小乐教授。申请人长期从事机器学习理论及其在生物信息学中的应用研究,围绕基于DNA甲基化数据的肿瘤纯度估计,考虑纯度的差异甲基化分析、肿瘤样本聚类等问题上取得了创新性的研究成果。2008年至今,共发表学术论文46篇,包括第一或通讯作者论文37篇,其中多篇发表在本专业最具影响力的杂志上。主要研究论文包括Genome Biol (IF=11.313) 三篇, P NatlAcadSci USA (IF=9.423) 一篇,Bioinformatics (IF=5.766) 两篇, PLoSComputBiol (IF=4.587) 一篇等。统计到 20172月,所发表论文被国内外其它课题组引用431次,他引论文分布在Cell, Nature, Nature Commun 20多种国际学术刊物上。目前正主持国家自然科学基金面上项目一项,完成国家自然科学基金青年项目一项,上海市教委创新项目一项。